出身地球圈的少年托比亚'阿罗纳克斯与他的同伴们,正为有生以来第一次如此接近木星而兴奋不已,他们作为地球——木星文化交流与促进而派遣的留学生,将迎接在木星轨道殖民地区的生活。 然而,就在进入木星重力圈的时候,凄厉的警笛忽然响彻整条客船,惊愕的少年们可以从舷窗直接看到,来袭者是在巨大海盗旗舰带领下的的神秘MS部队。而且,其中有黑、白两架背上有X型助推器的高达型MS,更是出奇地强悍,气势夺人。 眼看着护航的MS节节败退,机械工学社出身的托比亚忍不住开启舰内的一架MS出击迎敌。但在海盗高达压倒性的强大能量与高性能面前完全不是对手,瞬间便被击毁,不过托比亚发现海盗们并不去杀害那些失去MS的机师们,就连为首的那架刚交过手的白色高达也同样放他逃回船内。 进入母船,托比亚才发现自己误进了货舱,但也正因为这一判断错误,令他发现了一件恐怖的事情：货舱中装满了武器与剧毒瓦斯!同时得知自己所尊敬的导师卡拉斯先生,竟是策划这一行动的主谋,并且从卡拉斯口中得知,木星圈的阴谋家们,正企图以木星帝国之名,掀起一场巨大动乱,从而毁灭地球联邦。 正当卡拉斯要将托比亚灭口的千钧一发之际,白色的海贼高达出现将