西元2176年,距离地球二十光年远的海蛇座β星发生超新星爆炸,产生的电磁风暴对地球造成重大的伤害,残馀的人们团结起来重建地球,但也观测到180年后会有第二波的冲击,便合作拟定应付对策。后来在太阳系各处设置了称为「Fundation」的宇宙基地训练大批宇宙飞行员,而主角年仅15岁的少女片濑志麻便是为了成为宇宙飞行员而来到了名为「stellvia(注)」的Fundation…… 注：stellvia是佐藤龙雄监督的造语,将拉丁文中的星(stella)取字首(stell)和路(via)合在一起,其意为「星之路」。