林太郎偶然中得到一张奇怪的游戏牌,这种叫“真.女神转生”的游戏牌可让牌的主人（牌之使者）召唤出牌之世界里的恶魔、天使、精灵,而林太郎得到的“NET WAP”则是召唤之门,是连接人界与牌之世界的接口。同时一个叫“索雷帝亚”的组织也在秘密召集所有的牌之使者,以便打开牌之世界与人界的通道,开创新的世界。为救回被索雷帝亚夺走的千惠的灵魂,林太郎和遇上的浩二、优香两位牌之使者与索雷帝亚对抗。索雷帝亚通过误导大众,假借治疗拥有“恶魔遗传子”的青少年为名,把所有的牌之使者集中到彼岸岛。林太郎和同是牌之使者的贵也行仁来到可凝聚人类之念力的彼岸岛,阻止索雷帝亚的首脑弥勒寺未生将人类世界与牌之世界融合的企图,而“夏福尔”研究所的所长藤开却想趁机一举杀掉所有的牌之使者。为了生存,众人集中力量进行两个世界的融合,开创新的世界....