故事发生在命运之岛（Destiny Island）上,原本平静和平的小岛上,某一天突然乌云密布,发生了异样。与此同时在米奇王国,国王（King Michey）不见了！部下们发现了国王留下的信息：星星正在消失,世界正要发生糟糕的事情。而要使一切有转机,必须找到持有钥匙的人。于是忠实部下唐老鸭（Donald Duck）和高飞（Goofy）就踏上了寻找国王和键持者的路。 命运之岛上的风暴后,索拉（Sora）与同伴利库（Riku）、凯丽（Kairi）失散了。醒来后在轮回之镇与唐老鸭和高飞不期而遇。在斯考尔（Leon）和艾丽斯（Aeris）的指引下,三人踏上了一段神秘的冒险……途经各个迪斯尼世界,结交了不少同伴,也了解到了各个世界发生的事,并要启动什么阴谋。幸运的是索拉最后在虚空城找到了同伴凯丽和同样持有钥匙的利库。利库为了救出凯丽而选择了借助黑暗的力量,可反被黑暗的安塞姆（Ansem）所控制。为了救出凯丽,索拉不惜将暗之钥匙插出自己的胸膛——变成无心。凯丽醒来,与唐老鸭等人用真心唤回了索拉。 得知安塞姆的阴谋后,众人进入最后的世界,合力打败了安塞姆,奄奄一息的安塞姆将最后的希望寄托在王