最强的思考型机器人、非正规机器人猎人第十七队之精锐部队的队长──释玛，突然向世界宣战叛乱。两位新的猎人成员： X 与阿零，一同将释玛消灭人类、建立只有思考型机器人国度的计划破坏，世界亦回复和平，但，零也牺牲了自己的性命…… 第一次思考型机器人大战后六个月──非正规机械发生暴乱的事件不降反升，经猎人总部调查后，证实在某一处荒漠中有一座废弃工厂被重修并制造充满恶意的机械，而生产出来的制成品中，皆装有刻上释玛标志的芯片。刚刚上任猎人第十七精锐部队的 X 带队调查，成功破坏该工场。 不久，一个自称反击猎人的组织向 X 宣称拥有零的身体部件，并向 X 作出挑战：打败八位反乱的思考型机器人。的确，凯恩博士正拥有着零的芯片，是在上一次大战中奇迹无损的。同时，这也意味着，谁能击倒对方，就能够夺取零的部件并将其复活。 一方为了朋友，一方为了野心，一场新的战斗，一切即将爆发……