学园都市制宇宙升降机「恩底弥翁（Endymion,希腊神话中的恩底弥翁:埃特里俄斯俊美的儿子,为月亮女神塞勒涅所钟爱。）」。 就在这个设施即将完成之际,上条与茵蒂克丝同无能力者（LEVEL0）少女·鸣护阿莉莎相遇了。 茵蒂克丝与阿莉莎在名为「旺盛食欲」的谜团上找到了共同语言,因此意气相投。就在三人于放学后游玩时,遭遇了带着魔法师而来的史提尔发起的突然袭击。其目标,便是阿莉莎。为什么身为科学侧一方的她会遭遇魔法侧的袭击？在遭遇魔法侧强袭后,学园都市一侧,女性领袖·夏特阿舞拉所率领的安保部队展开了行动。 就在上条与茵蒂克丝,以及阿莉莎被卷入进的状况弄得云里雾里时,史提尔这么说道： 「那儿的妹子,可能会引发魔法侧与科学侧之间的战斗」 科学与魔法交会之时,以「恩底弥翁」为舞台的故事开始了——