故事发生在2060年——不远未来的日本,科学警察研究所 法医第九研究室（通称“第九”）。在这里,所有因极兇犯罪事件而丧命的被害者、嫌疑人以及罪犯的大脑被集中进行调查。死亡后,在一定时间内取出没有损伤的大脑进行处理并予以电流刺激,可以让脑部保持生前的生理状态。采用这种被成为MRI的调查法,可以让这些被害者、罪犯们在生前所见的一切在屏幕上再现（最早可追溯到五年前）。病榻上濒临死亡的老者向前来聆听其忏悔的神父讲述了一个他埋藏在心底60年之久的秘密——60年前他曾经诱拐并杀害了一个小孩。警方根据其提供的地点挖出了一具蜡化尸体,然而这具尸体却并非老者所埋的儿童,而是一名四五十岁男子。三好医生向薪先生申请用MRI调查这具蜡化尸体的大脑却遭到拒绝,青木为此首次顶撞薪先生……对蜡化尸体大脑的调查最终得以进行。但这也许是一具不要被挖掘出来,永远留在地下反而会更好的尸体……